工业工程是以大规模工业生产及社会经济系统为研究对象，是在制造工程学、管理科学和系统工程学等学科基础上逐步形成和发展的，是集工程与管理于一体的一门综合性很强的交叉学科，强调“系统观念”和“工程意识”，重视研究对象的“统筹规划、整体优化和综合原理”。工业工程领域涉及的主要学科领域有系统科学、现代管理科学、计算机科学、运筹学、人因工程等。

工业工程系成立于2003年，先拥有专任教师9人，其中，高级职称教师5人（教授1人、副教授4人），获石河子大学“3152”中青年骨干教师培养计划资助3人。工业工程系借助中西部高校综合实力提升工程申请投入了近400万的工业工程实验室设备资金，改善了实践教学条件。近年来，工业工程系全体教师积极开展教学与科学研究，主持或参加校级教学改革项目5项，获教学成果奖2项，发表教学论文20余篇；主持或参加省级以上课题10余项，校级课题多项；出版著作、教材10余部，在各级学术刊物上发表学术论文100余篇；获兵团科技进步二等奖1项，三等奖1项。

工业工程系有1个博士点招生方向，1个学术学位硕士点招生方向，1个专业学位硕士点招生方向。在校生260余人。