为适应我国科学技术的迅猛发展，加速电气工程科技人才的培养，我校于1999年设立电气工程及其自动化本科专业，2000年招收第一届电气工程及其自动化专业本科生。培养本科毕业生16届，达2500余人。本专业着眼于国家及西部地区经济建设发展和社会需求，培养德智体美劳全面发展的社会主义合格建设者和可靠接班人，培养具有社会责任感、良好的职业道德和较强的创新意识，能够利用所学的电气工程专业基础理论和专业技术知识解决工程问题，能在电气工程领域的系统运行、技术开发等部门从事生产、设计、研发、管理等工作的高级工程技术人才。近年来，本专业本科学生参加全国“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛（含创青春全国大学生创业大赛），获奖十余项，参加“中国创翼”青年创新创业大赛，获银奖多项；参加数学建模竞赛，获国家级奖多项，获自治区级奖二十余项；参加大学生英语竞赛，获国家级奖二十余人次；获批国家大学生创新性实验计划十余项。

1994年，best365官方网站登录入口获批农业电气化专科专业，培养专科生150余人。2005年我校获批农业电气化与自动化学科硕士学位授权点，2011年获批博士学位授权点，累计授予硕士学位近百人。

2008年我校成立了电气工程系，2001年设立了电气工程实验中心，主要承担培养电气与自动化工程技术人才、侧重电气工程及其自动化。本系教师主要承担电路、电子技术、单片机原理与应用、计算机控制技术、自动控制原理、电机、电力电子技术基础、电力系统基础、继电保护原理、电气控制技术、高电压工程等电气工程及其自动化专业本科、农业电气化与自动化（农业工程）硕士课程和全校的电工学课程。目前电气工程系拥有专任教师24人，其中，高级职称教师13人（教授2人、副教授12人），博士生导师1人，硕士生导师9人，所有教师均获得硕士学位及以上。全国宝钢优秀教师1人，获兵团优秀青年教师资助计划1人。自治区高等学校教学能手1人。获石河子大学“263”青年骨干教师培养计划资助4人，石河子大学“3152”中青年骨干教师培养计划资助2人。近五年，本系承担了国家自然科学基金项目7项、省部级科研项目多项。获兵团科技进步二等奖3项，三等奖2项。近年来，在SCI、EI、中文核心期刊等国内外各级各类学术刊物上发表科研、教学论文百余篇。 我校非常重视各层次师资的引进和培训工作，近年来，聘请电气工程学科绿洲学者3名。本系多次荣获校先进集体、先进基层党组织等荣誉称号。