2003年设置电子信息工程专业，并招收第一届本科生。目前，该系现有教师10人，其中，教授1人，副教授3人，讲师6人；下设两个教研室：通信与信号处理、嵌入式系统应用。具有博士学位教师2人，在读博士1人；石河子大学“3152”青年骨干教师3人。拥有校级精品课程1门、一类课程3门，在校生270余人。

本专业坚持“以兵团精神育人，为维稳戍边服务”的办学特色，着眼于国家及边疆地区电子信息技术发展的需要，培养具有坚定正确的政治方向、良好的思想道德修养、自觉践行社会主义核心价值观，达到国家规定大学生体质合格健康标准，德、智、体、美、劳全面发展的社会主义建设者和接班人，具有良好的人文与职业素养，高尚的工程职业道德和高度社会责任感的，掌握扎实的数理基础知识、系统的电子信息工程基础理论、熟练的软硬件开发基本技能、具有一定的创新精神、实践能力、沟通能力、创业能力和终身学习能力，能在电子信息、通信、物联网等应用领域，从事软硬件系统的设计、开发、集成与技术服务等工作的高素质应用型人才。专业主干课程有：电路（一）、信号与系统、电磁场与电磁波、数字电子技术、模拟电子技术、高频电子线路、数字信号处理、嵌入式原理与接口技术、通信原理等。

近些年来，主持或参加校级教学改革项目15项，获教学成果奖3项，发表教学论文20余篇。承担了国家自然科学基金等5项国家级项目，出版学术专著18部，获授权发明专利和软件著作权登记20余项。

电子信息工程系在今后的发展中，加大人才引进力度，积极加强同国内高校的学术交流与合作，促进该系的专业建设与学科发展。